Air Berlin ist die zweitgrößte Fluggesellschaft in Deutschland und die wichtigste Airline am FMO dazu. Air Berlin fliegt ab dem FMO zu vielen deutschen Städten wie z.b. Berlin, Nürnberg oder München. Außerdem soll im Sommer 2010 eine Verbindung nach Sylt hinzukommen.

Außerdem werden auch viele Urlaubsziele angeflogen. Darunter zählen beispielsweise Palma de Mallorca oder Rimini in Italien.

Air Berlin setzt fast alle Typen aus der eigenen Flotte am FMO ein. Dazu gehören DH4, B73G,B738,A319,A320 und der A321. Der A330 wird nicht auf regulären Flügen am FMO eingesetzt.

Im Sommer 2010 werden am Flughafen Münster/Osnabrück 3 Dash 8-Q400 und 4 Boeing 737-800 stationiert sein. Air Berlin hat am FMO eine eigene Werft in der eine Boeing 737-800 Platz findet. Die 2.450 m2 große Werft wurde 2003 unter der Anwesenheit von Air Berlin Geschäftsführer Joachim Hunold eröffnet.